A lo largo de su existencia el Instituto para el Desarrollo Humano ha desarrollado diferentes departamentos de acuerdo a las necesidades de las actividades que se desarrollan en los proyectos. Cada departamento se desenvuelve de forma transversal con los diferentes programas,  subprogramas y proyectos de acuerdo a los requerimientos, para armonizar el desarrollo de las actividades y cumplir los objetivos de Plan Estratégico Institucional 2012-2016.