El departamento  de Fortalecimiento Institucional  trabaja en consolidar la sostenibilidad del IDH. Trabaja de forma transversal con todos los subprogramas a través de grupos temáticos como: Comunicación, investigación, incidencia política, financiero, etc., en base al Plan Estratégico Institucional (2012-2016), con la conformación de los nuevos Programas, Medi Acción y EcoAcción.